本发明公开一种无人船混动切换系统，包括发电机、220V充电适配器、常用锂离子电池组、备用锂离子电池组、非延时切换装置、零延时切换装置、大功率负载和主控制器及负载；本发明采用两组锂离子电池：常用锂离子电池组、备用锂离子电池组来做无人船动力，一组电池组工作时，另外一组电池组做备用，并通过发电机提供的220V电源连接上220V充电适配器进行充电，两组电池交替配合着使用，无需配备超大容量电池即可满足无人船的续航时间，且本发明通过零延时切换装置实时监测两组电池组的电压状态，并能瞬间切换电池组给主控制器及负载供电，确保实现直流电源系统快速切换，防止主控制器及负载因断电而产生复位数据丢失的一些列麻烦。