本发明公开了一种大型集装箱船的辅机排气系统，包括设在集装箱船的机舱内的辅机和一头连接在辅机上、另一头穿出机舱的烟窗棚顶的排气管，所述辅机排气系统还包括凝水泄放管、泄放槽和支管；所述凝水泄放管的直径小于排气管的直径且竖直向设置，该凝水泄放管的上端连接在靠近所述辅机的排气管上，该凝水泄放管的下端安装一个盲板法兰；所述泄放槽设在所述凝水泄放管的正下方；所述支管呈L形且水平部的外端连接在所述凝水泄放管的下部，在该支管的竖直部的上端口灌入一定量的水，以形成水封。本发明的辅机排气系统能及时排出辅机排气管中的凝水，并防止烟气溢出。