本发明公开了一种水体环境的自动检测系统，包括自动无人船、岸基控制台、云监测平台、移动监控端和手动遥控端，自动无人船分别通过无线网络与岸基控制台、云监测平台、移动监控端和手动遥控端进行数据交互；自动无人船具有遥控模式和自动模式这两种工作模式，自动无人船在水域航行动态采集水体环境数据并生成航行状态数据分别发送给岸基控制台、移动监控端和云监测平台，岸基控制台和移动监控端获取水体环境数据、监测自动无人船的航行状态以及控制调整自动无人船处于自动模式时的航行路线，云监测平台获取水体环境数据和航行状态数据并通过网络分享；优点是在具有低成本的基础上，可以实现水体环境动态检测，检测覆盖区域较广。