本发明公开了一种船用舱室空调分区控制系统及其控制方法，该控制系统包括中央控制箱和中央控制系统，中央控制系统包括：一用于接收新风的新风回风混合舱，同时接收从若干舱室排入的回风，并进行混合；一用于接收混合风并对混合风进行一级温度调节的一级冷热媒水温控系统；一用于接收混合风并对混合风进行二级温度调节的二级冷热媒水温控系统；以及一用于接收混合风并对混合风后处理和加压的后处理和加压系统，经后处理和加压系统处理后的混合风排入若干舱室内。本发明提供的控制系统舱室空调系统温度分区控制，可满足不同人的热舒适度要求，且降低全船空调系统电负荷，减少对船用发电机组配置的要求。