一种侧扫式船舶吃水检测系统，包括：沿着发射端监测支架纵向安装分布的多个发射端超声波传感器，多个发射端超声波传感器构成发射端超声波传感器阵列；沿着接收端监测支架纵向安装分布的多个接收端超声波传感器，多个接收端超声波传感器构成接收端超声波传感器阵列；所述发射端监测支架的发射端超声波传感器阵列上方安装有一个接收端超声波探头；所述接收端监测支架的接收端超声波传感器阵列上方安装有一个发射端超声波探头。所述发射端超声波传感器阵列、接收端超声波传感器阵列、接收端超声波探头、发射端超声波探头均连接控制模块。本发明采用超声波式船舶检测探头检测船舶有无，然后通过判断船舶信号进行控制超声波传感器阵列的使能信号，随后进行数据采集、处理和显示，从而达到在无船舶通过时，发射端传感器阵列处在关闭状态，从而延长系统的使用寿命。