一种侧扫式船舶吃水检测系统及超声波同步方法，检测系统包括超声波同步信号调制模块、超声波同步信号解调模块、船舶吃水检测模块；所述船舶吃水检测模块包括N‑1个超声波发射探头、水下压力传感器模块、N‑1个超声波接收探头，N‑1个超声波接收探头接收脉冲信号的幅度，用于测量船舶的吃水深度；所述超声波同步信号调制模块包括第N个超声波发射探头、以及与所述第N个超声波发射探头连接的第一调制模块；所述超声波同步信号解调模块包括第N个超声波接收探头、以及与所述第N个超声波接收探头连接的第二调制模块。本发明采用最后一路超声波同步的方法保证和进行吃水检测的超声波处于一样的环境，实现快速同步，大大提升了检测系统的刷新频率及检测精度。