本发明提供一种水库库容的无人船自动巡航测算系统及方法。该系统包括前端探测模块与后端计算与控制模块；前端探测模块负责在指定水域采集并上传水深、经纬度、姿态角度等信息；为了提高测量数据的完成度，后端计算与控制模块对测量数据进行质量评估并生成补测路径，控制多艘无人船自动巡航补测；整合初探、补测数据后计算出库容量。本发明通过基于最小内角方差的三角网格划分方法最大程度地还原了水底地形，提高了库容测算的准确率；针对初探数据普遍质量不高的问题提出了网格质量评估与补测点生成方法，进一步提高测量数据的完成度及库容测算的准确率；根据补测点自动生成能耗均衡的巡航路径并控制多艘无人船自动巡航完成补测任务。