本发明实施例提供一种船舶中央冷却器冷却水激励换热管振动的控制方法及系统，包括：获取中央冷却器舱内冷却水入口管路中冷却水的脉动压力峰值频率；若冷却水的脉动压力峰值频率与中央冷却器换热管的固有频率之间的差值在第一预设范围之内，或，冷却水的脉动压力峰值频率与中央冷却器换热管中海水的脉动压力峰值频率之间的差值在第二预设范围之内，则向中央冷却器舱内冷却水入口管路中加入预设浓度的长链聚合物。本发明实施例向中央冷却器一定体积的长链聚合物，使得加入长链聚合物后冷却水的脉动压力峰值频率与换热管的固有频率、海水的脉动压力峰值频率均不相同，也就是使得换热管不会发生共振，从而提高了中央冷却器的安全可靠性和使用寿命。