本发明公开了一种自航式锚定水质监测系统，包括数据处理及控制模块、驱动航游模块、锚定收放模块、探头及收放模块和浮标本体，数据处理及控制模块、驱动航游模块、锚定收放模块和探头及收放模块均固定于浮标本体，数据处理及控制模块分别与驱动航游模块、锚定收放模块和探头及收放模块电性连接。采用数据处理及控制模块对监测装置进行定位和控制，通过驱动航游模块可让装置自动航游到指定位置，再通过锚定收放模块对装置进行锚定固定。通过探头及收放模块可将探头放置到不同水深进行监测，解决了现有技术中浮标和固定标的缺点，可进行自动收放控制、自动航游和远程控制，环境适应性强，应用范围广。