本发明涉及一种船舶动吃水精密测量集成系统及其方法，属于水上勘测作业技术领域。本发明包括集成于船舷的外围支撑固件上的测量装置，以及安装于船舶上的GNSS定位设备和通信系统；测量装置，用于向水面发射微波信号，经水面散射返回信号，勘测船舶的吃水值测量，包括微波收发器和外围支撑固件；通信系统，用于将微波测距数据和GNSS采集数据同步进入电子计算机；GNSS定位设备，用于与微波测距数据同步采集、传输、记录于电子计算机，采集、记录、结束与微波测距发射接收器相同，均通过电子计算机指令控制。本发明安装简易，操作便捷，受外界环境影响少，误差影响因素少，精度高，远近海皆可操作，应用拓展性强。