本实用新型涉及一种小型舟艇用电机助力系统，包括：脚踏机构；第一传动轴，一端与脚踏机构连接，第一传动轴通过脚踏机构驱动而转动；第一离合器，与第一传动轴连接；齿轮套件，与第一离合器连接，当第一离合器呈闭合状态时，第一传动轴通过第一离合器带动齿轮套件转动，当第一离合器呈离脱状态时，第一传动轴停止通过第一离合器带动齿轮套件转动；电机驱动机构；第二离合器，与电机驱动机构及齿轮套件连接。本实用新型小型舟艇用电机助力系统可以通过脚踏机构单独作为驱动力，实现纯人力驱动，也可以通过电机驱动机构单独作为驱动力，实现纯电力驱动，解决了柴油发动机驱动污染环境的问题。