一种无人船的多旋翼无人机载运机舱及其工作方法，属于无人机搭载无人艇技术领域。载运机舱包括无人机载运机舱箱体、降落外展甲板、无人机移位装置、无人机升降平台；该降落外展甲板通过连杆与机舱箱体相连，外展甲板打开状态与机舱箱体舱口保持在同一水平面，外展甲板关闭状态能够封闭舱口；该无人机移位装置通过滑动轨道与外展甲板相连，移位装置通过移位驱动装置沿轨道向机舱滑动，推动无人机最终移动到升降平台；该升降平台通过平台驱动装置，沿机舱滑道实现升降，平台升至顶端使其与外展甲板保持水平作为无人机的降落甲板，平台降落实现载运无人机到达舱内；本发明通过多功能应用的装置实现无人机在船上的起降、移位、载运，从而降低无人机的载运难度，保障了无人机的载运安全。