本发明公开了一种用于新能源船舶的混合动力电池系统，其特征在于，包括顺序连接的电气驱动单元、能源储存单元、充电控制装置和能量供给单元，所述电气驱动单元包括逆变器和与逆变器连接的电动机组；所述能源储存单元包括互为并联的锂离子电池组，其中一个锂离子电池组为主供电电源，当其为新能源船舶进行供电时，其他锂离子电池组为备用储能电源；所述充电控制装置包括充电控制单元和与充电控制单元连接的外部充电设备和继电器组；所述能量供给单元为燃料电池组。这种系统可以克服锂离子电池续航里程短、充电较慢以及燃料电池功率输出不稳定、寿命较短的问题，能为新能源船舶提供充足的动力。