本发明提供了一种船舶中央冷却水系统及其控制方法及船舶，涉及船舶冷却水的技术领域，具体的，船舶中央冷却水系统包括海水变频泵组、淡水变频泵组、温控三通阀、中央冷却器、支管总成、检测系统和中央管控系统；通过中央管控系统控制海水变频动力装置和淡水变频动力装置的运行频率，可以调节海水变频泵组和淡水变频泵组的运行功率，在满足船舶需要冷却的设备或者冷却器的需求的基础上，实现了节能的技术效果，缓解了现有技术中存在的海水冷却水系统和淡水冷却系统无法进行流量调节，造成能源的浪费以及中央冷却水系统的使用寿命降低的技术问题；中央管控系统控制温控三通阀开度值，作为安全保障措施进行温度和流量调节。