本发明提供了一种船舶的水冷却系统及其调节方法及船舶，涉及船舶冷却水的技术领域，具体的，船舶的水冷却系统包括海水变频泵机构、淡水变频泵机构、中央冷却器、支管组件、检测设备、中央管控系统和压力调节阀；通过中央管控系统控制海水变频动力机构和淡水变频动力机构的运行频率，进行可以调节海水变频泵机构和淡水变频泵机构的运行功率，在满足船舶需要冷却的设备或者冷却器的需求的基础上，实现了节能的技术效果，通过在中央冷却器与外部连通的海水管路上设置压力调节阀，保证了海水管路上具有管路压力，海水变频泵机构能够始终有工作效率，海水管路的流量没有最小限制，在不需要温控阀便能够完成船舶的水冷却系统的冷却过程。