本发明提供了一种机舱通风系统及其控制方法及船舶，涉及船舶的技术领域，机舱通风系统包括风机组件；风机组件用于向机舱内部通风；风机组件包括多个风机；多个风机分别对应多个待供风对象，且多个风机均为变频风机。在使用过程中，当待供风对象需要较大的风力时，该待供风对象对应的风机的变频驱动装置提高频率；当待供风对象需要较小的风力时，该待供风对象对应的风机的变频驱动装置降低频率。这样不仅能保证使用效果，还能够节省能源。并且，由于不同的风机都有明确的服务对象，因此工作人员可根据待供风对象的状态来控制其对应的风机的频率，令送风更具有针对性，方便工作人员管控和操作。