本发明提出一种无人船无人机协作系统及控制方法，包括：多架无人机、多艘无人船和控制中心；无人机为旋翼无人机，其充电口位于机体下侧；无人船包括停机平台、设置在停机平台上的多个无人机起降充电装置；控制中心包括海上控制中心和岸基控制中心。本发明将无人船定义为无人机的中转和充电平台，同时提出了一种起降充电一体化的装置设计方案，简化了装置结构，实现了功能多样性，针对无人机如何在颠簸不定的无人船甲板上安全地起飞与降落问题，采用了云台隔离船体的摇摆运动，用缓冲装置防止无人机着板过程中的冲撞，用固定装置配合无人机的起降。提出了整合无人机、无人船、海上控制中心和岸基控制中心的整体控制方案，以充分发挥协同作用。