本发明公开了一种水质监测智能小船的自动驾驶方法及其系统，小船航行时，雷达对周边探测，控制计算机确定雷达接收到的探测信息为有效目标信号后，驱动网络摄像机启用视觉检测。通过控制计算机确定雷达探测到的有效目标在像素坐标下存在的区域，然后进行图像检测。在像素坐标系下，比较雷达探测到的目标区域与视觉检测到的目标区域的重合情况，若重复值达到阈值，就判定探测信息准确，实施避障；若低于阈值，就判断为信息失准，随后判断雷达信号发出的纵向信号是否低于预警值，若低于预警值，则小船保持前行，若高于预警值，则实施避障。该方法可以有效地避开河道内的障碍物，从而实现小船的自主航行。