本发明涉及一种基于干扰观测器的非线性系统自抗扰控制方法，针对含有未知非线性函数以及谐波干扰的非线性单输入单输出系统；首先，将谐波干扰以及未知非线性函数进行数学表征，建立谐波干扰的外部模型；其次，基于控制输入及量测输出信息设计干扰观测器以及扩张状态观测器，完成对谐波干扰、未知非线性函数以及系统状态的估计；最后，根据干扰观测器以及扩张状态观测器的输出设计自抗扰控制器，基于分离定理与极点配置理论，完成观测器与控制器的增益求解；本发明具有抗干扰能力强、控制精度高等优点，可用于含干扰及未知非线性系统的高精度控制。