本发明公开了一种船舶分段制造流水线的多工位协同方法。该方法包括：确定船舶分段流水线上分段产品的装配制造逻辑链，并拆解为多个加工单元(即多道加工工序)，其中，每个加工单元用于加工船舶分段的中间产品；在多个加工单元中，任一加工单元的中间产品可能包含多个并列的子加工单元，对多个并列的子加工单元进行工位协同建模，得到并行工位协同模型；在多个加工单元中，对属于上下道顺序加工单元的工位进行建模，得到串行工位协同模型；结合并行工位协同模型和串行工位协同模型对分段产品所涉及的所有加工单元中的中间产品进行协同作业。通过本发明，实现了船舶分段的多工位协同，有效的减少中间缓存，达到了提高船舶分段制造效率的效果。