本实用新型涉及一种机械清漂船主机用冷却系统及机械清漂船，包括冷却水泵、热交换器、装有清水的的内循环水舱、第一及第二内循环管道；冷却水泵与热交换器相连通，冷却水泵的进水口处设有与内循环水舱连通的第一内循环管道，第一内循环管道上设有第三切换阀，热交换器的出水口与第二内循环管道连通，第二内循环管道与内循环水舱连通，第二内循环管道上设有第五切换阀。本实用新型在船上设置一封闭的内循环水舱，第一内循环管道为由内循环水舱向热交换器的供水管路，第二内循环管道为由热交换器向内循环水舱的回水管路。当在垃圾水域作业时，采用封闭水舱水冷却的内循环模式，从而能够避免主机用冷却系统中海水泵以及冷却管路出现堵塞的情况。