本发明公开了一种水中悬浮轨道交通系统，包括：第一绳索、浮箱、轨道、外壳、第一电机、第二电机、齿轮、转轴、电缆和第二绳索。本发明水中悬浮轨道交通系统将地面高效的铁路运输方式与水面的船舶运输方式进行结合，借鉴大跨度、大深水的斜拉桥设计方法和海上平台的固定方式，发挥各自优势，实现水面的高效交通运输，这必将水带来上交通运输方式的大变革，突破水域对交通的限制，实现更加节能、快速的交通运输，具有巨大的社会经济价值；本发明适用于河道、湖泊、海洋上的交通运输。