本发明提供一种基于基因共表达网络传播分析的早期致病因子探测方法，步骤如下：一、从某种疾病的病例组和对照组的真实基因表达中获取数据，对某种疾病的基因表达数据进行预处理；二、通过相关性分析，决定两个基因是否存在共表达关系，从而建立基因共表达网络；三、对基因的差异表达排序，找到故障节点集；四、计算故障节点子集与拟定故障传播中心的节点的平均距离，找到递增的平均距离序列，确定动态网络标志物；本发明针对复杂疾病的早期致病因子的探测问题，为弥补传统分子生物标志物和静态网络标志物的不足，从系统的角度提出一种基于网络传播分析的早期致病因子探测方法，可以有效的找到疾病的早期致病因子，为精准医疗做出贡献。