本发明提供一种海床基定位授时与数据回收系统及方法，该系统包括定位授时装置、水下航行器以及海床基；定位授时装置用于向水下航行装置发送水下航行器的初始位置信息和授时信息，并用于对海床基采集的观测数据进行接收；水下航行器用于接收水下航行器的初始位置信息和授时信息，并根据初始位置信息航行到海床基上方，根据授时信息对各个海床基进行授时，同时还用于获取海床基采集的观测数据；海床基用于对预设范围内的观测数据进行采集。本发明通过使用水下航行器实现随时回收数据，避免海床基观测数据获取周期过长；通过声学定位模块快速发现并校准海床基在海底的位置偏差，通过声学通信模块校准了海床基长期在海底运行过程中产生的时间偏差。