本发明公开了一种双翼差动拍动的微型扑旋翼飞行器，涉及微型飞行器领域。所述飞行器包括机翼、传动机构、动力装置及底座；底座上固定动力装置和传动机构，传动机构的两端分别各固定一个机翼；工作时，动力装置中的微型电机提供动力带动传动机构的内杆上下升降，导致两个机翼连杆同时向相反方向运动，带动对称布置的一对机翼交替向下和向上运动，实现差动拍动。本发明在保证机翼相同频率拍动的过程中平均升力不变，机翼瞬态升力波动明显减小，升力在整个拍动周期内更为均匀，有效降低了对电机输出功率的要求，显著提高能量利用效率。