本发明公开了一种用于船舶推进轴系振动的双向主动电磁控制系统，控制系统安装在船舶推进轴系上，船舶推进轴系包括弹性联轴器、船舶动力装置、轴承基座、径向轴承、螺旋桨和推力轴承，上述部件沿着推力轴系轴向分布，推力轴承位于轴承基座上，用于将船舶动力装置中的动力传输到螺旋桨上；控制系统包括双向主动电磁控制组件，双向主动电磁控制组件安装在推力轴承的基座上，用于根据轴向振动进行双向施加轴向力，减少轴系运转过程中带来的轴向振动。本发明通过安装在推力轴承基座上的双向主动电磁控制器来施加作用力，双向主动电磁控制器的独特性能可以满足螺旋桨的独特要求，并在控制轴系激励方面有效，在操作期间没有磨损，维护保养成本低。