本发明公开了一种用于探寻水下目标的船舶定位方法，步骤如下：（1）在船舶上安装GPS系统；（2）在电子海图信息与显示系统中标记待探寻的水下目标位置，根据水下目标位置，确定船舶抛锚点，并将抛锚点位置标记在电子海图信息与显示系统中；（3）将GPS系统信号接入电子海图信息与显示系统，在电子海图上画出船舶图形，在船舶图形上标记出船舶上的下水点；（4）根据GPS系统的定位信息，将船舶在抛锚点位置进行抛锚；（5）调整锚链，使船舶图形上的下水点正对水下目标位置，然后收紧锚链，固定船舶，完成船舶定位。该方法可将船舶上的下水点精确定位到水下目标之上，蛙人下水后能够直接探寻到目标，提高了蛙人下水探寻目标的准确性。