本发明公开了一种双船运载系统，该系统包括两艏驳船，两艏所述驳船均垂直停靠在码头且均与码头固定相连；其中，两艏所述驳船用于承载横跨于两艏所述驳船上部的待运载部件；两艏所述驳船之间形成用于运架一体船停泊装载的通道。本申请提供的双船运载系统，结构简单合理，安装使用方便。采用两艏驳船代替传统的港池或栈桥实现对待运载部件的临时承载，对码头无特殊要求，可在任意码头进行搭建，进而实现在任意码头进行运架一体作业。同时具有无需建造周期、成本较低、对环境无影响等优点。