本发明涉及船舶制造技术领域，其公开了一种船舶轴系的安装校中工艺，包括船舶轴系的预安装、螺旋桨轴与中间轴的联轴器法兰的对中校正、中间轴与离合器法兰的对中校正、离合器法兰与柴油机主机的对中校正、柴油机主机底座下面环氧垫片的浇注、轴带发电机上转子连轴节的调整安装，以及轴带发电机与中间轴的对中校正、轴承负荷的测量；在所述柴油机主机底座下面环氧垫片的浇注工序中，依据所采用的环氧垫片的干化收缩量，校正柴油机主机的安装高度为理论安装高度与所述干化收缩量之和；所述环氧垫片的干化收缩量通过环氧垫片材料的干化收缩试验数据而得到。本发明提高了船舶轴系的安装精度、提高了船舶轴系设备运行的可靠性。