本发明公开了一种基于海事监管的内河船舶吃水检测系统及检测方法。检测系统包括充排气装置、导气管、沉浮管、信号采集系统、数据分析系统。检测方法具体为：首先充排气装置向导气管充气，通过导气管小孔向沉浮管充气；沉浮管上浮直至接触到待测船舶底部；沉浮管上的压力传感器检测出不同位置处的水压值；信号放大装置将压力传感器测得的电信号放大，传至数据分析系统；经数据分析系统分析处理可以得到最大的压强值，利用最大的压强值求取船舶的吃水值；充排气控制系统控制充排气装置排气，沉浮管沉入河床，结束检测。本发明检测原理新颖，能够实现智能化、自动化检测实际吃水值，且不易受外界因素的影响；可以实现多船舶的同时检测，实用性强。