本发明属于船舶水下测量技术领域，具体提供了一种船用水下测量波浪主动补偿装置，包括上固定支架、下固定支架、仪器舱支架、升降机构、横移机构、第一电机、第二电机和控制装置，仪器舱支架与升降机构铰接，升降机构的数量为四个，所有升降机构沿仪器舱支架的周向均匀分布，仪器舱支架上设置有仪器舱，仪器舱内设置有加速度传感器和陀螺仪传感器，第一电机、第二电机、加速度传感器和陀螺仪传感器均与控制装置电连接；本发明的船用水下测量波浪主动补偿装置的控制装置接收加速度传感器的检测信号控制第一电机工作和停止，接收陀螺仪传感器的检测信号控制第二电机的工作和停止，使仪器舱内的检测仪器工作时受干扰小、测量准确。