本发明公开了一种用于搜寻水污染源的无人船系统，该系统包括处理器模块、电源模块、动力驱动模块、传感器模块、定位导航模块、操作员控制模块。其中操作员控制模块通过红外信号与无人船进行信息交互，其主体也是一片CPU，主要构成有信号处理模块、键盘及状态显示模块、程序及数据存储器。传感器模块主要负责测量水流速度、水流方向、污染物相对浓度等水文信息，将其提供给处理器模块，以便处理器规划合理的行进方案。其中污染相对浓度这一水文参数可以根据不同类型的污染物而改变，使得本发明可以适应各种类型的污染源搜寻任务。本发明解决了目前的定点监测系统与人工水质监测的诸多不足，提高了搜寻水污染源的效率和精度。