一种无人船与AUV的对接系统，包括位于水面的无人船、位于水下的AUV，还包括用于实现无人船与AUV之间定位和初步对接的超短基线定位系统、用于实现无人船与AUV之间非接触式充电的无线充电模块；所述无人船底部设有用于夹持AUV和实现对接位置微调的多自由度的机械手。本发明通过超短基线定位系统、机器视觉和机械手实现无人船与AUV的对接，提高对接的可靠性和成功率，并在对接后进行充电续航和数据传输，提高AUV的续航能力。