本发明公开了一种水下浸没式光伏发电系统的设计方法，包括以下步骤：（1）对太阳能组件电池进行选型，确定微型逆变器和变压器的相对位置；（2）综合考虑水对太阳辐射的影响，设计太阳能组件浸没在水中的最佳深度；（3）对水下浸没式光伏发电系统浸没所需的下沉装置进行设计；（4）根据所需要的浮力、电缆沟设计要求计算下沉装置的规格、形状；（5）设计下沉装置与下沉装置、下沉装置与支架、支架与光伏组件之间的连接方式；（6）根据当地水域风浪的地理条件，进行光伏阵列的设计及布置、以及规划电缆通道、维修通道；（7）设计该系统在水中的固定方式；（8）系统的防水防腐蚀设计；（9）设计该光伏系统的防雷结构。