本发明公开了一种基于双主控和电源管理的无人艇控制传输系统及控制传输方法，其中，总主控板接收GPS模块和传感器装载平台的数据，通过第一无线传输模块传递给中转服务器，然后发送给上位机，上位机对接收的数据进行解析并发出控制指令；中转服务器将接收到的控制指令进行分类，将信息获取指令通过第一无线通信模块发送至总主控板，将动作指令通过第二无线通信模块发送至副主控板，副主控板对动作指令进行判别，配合电机驱动板完成对电机的精确控制，将执行结果通过第二无线通信模块反馈回中转服务器，然后反馈给上位机；电源管理模块用于实现电源管理和控制。本发明减少了控制信号的延时，避免电流扰动的发生，可拓展性强，减少开发代码量。