本实用新型公开了一种智能水下机器人控制系统，包括水面控制系统、姿态控制系统、水下定位系统、水下机器人运动控制器、探测系统和水下作业系统；所述水面控制系统是整个控制系统的核心，用于实现对水下机器人的监测和控制；所述姿态控制系统用于获得水下机器人的潜水姿态数据；所述水下定位系统用于进行水下定位并精确导航、避免碰撞；所述水下机器人运动控制器用于操控水下机器人的运动姿态；所述探测系统用于探测水下目标并操作机械手进行处置；所述水下作业系统用于控制水下机器人进行水下作业。本实用新型可以实现自主航行路径，在水面实现远程数据传输通信，具备切换人工遥控功能；还可以为水下搜索寻找目标，并对其准确定位。