本发明涉及水下变形位移补偿系统，包括海水泵，于海水泵的进口设置用于过滤入口海水的第一过滤器，在海水泵的出口处设置用于防止海水泵损害的第二过滤器，在海水泵与第一过滤器、第二过滤器串联的管路上还并联用于设定最高压力的溢流阀和用于拆装水囊的第二开关阀；于第二过滤器上还串联第一开关阀，第一开关阀的第一工位通过管路连接用于夹紧耐压壳体的夹紧机构，第一开关阀的第二工位通过管路连接用于补偿耐压壳体收缩或膨胀的补偿机构。本发明不仅能够自动补偿耐压壳体变形，抵抗偏载影响，通过将本发明与耐压壳体与框架刚性的连接，使其还具有传递耐压壳体正浮力的功能。