本发明提供的是一种海底电缆巡检用水下航行器智能监测系统及组合导航方法。包括自主水下航行器、水面浮台和岸站监控系统。组合导航系统包括MINS、GM、DVL、Visual四个子导航系统。采用水下航行器作为智能监测系统平台实现海底电缆巡检的智能化；采用小型水面浮台作为信息传输中转及水下航行器提供二次电能供应极大提高其水下续航能力和连续巡检作业时间；采用MINS/DVL/Visual/GM的组合导航定位方式，实现了水下航行器姿态、速度、位置等导航信息的全面获取，且通过联邦滤波技术实现各导航子系统的数据信息有效融合，提高导航定位信息的精度，满足监测系统低成本、小型化、低功耗、便于安装等技术要求。