本发明涉及一种双馈式船舶混合轴带电机独立推进系统及其控制方法，该系统包括螺旋桨、双馈轴带电机、变速恒频装置和控制器，双馈轴带电机通过齿轮箱与螺旋桨连接，齿轮箱还连接船舶主机，双馈轴带电机的定子侧通过状态切换线路与船舶电网连接，双馈轴带电机的转子侧通过变速恒频装置与船舶电网连接，状态切换线路上设有定子开关，定子开关和变速恒频装置都与控制器连接，还包括撬棒装置，撬棒装置包括撬棒开关和撬棒电阻，撬棒电阻通过撬棒开关与双馈轴带电机的转子侧连接，撬棒开关与控制器连接。与现有技术相比，本发明通过投切撬棒装置，解决了轴带电机在主柴油机故障情况下独立起动与单机推进的技术问题，提高了船舶运行的灵活性与可靠性。