本发明提供一种燃料供给系统、船舶及燃料供给方法。在吸入燃料并将其加压后排出的加压装置中，即使在加压和排出与燃料的吸入之间所需的油压产生量的差较大，也能够有效地产生油压产生量。该加压装置包括：两个燃料泵；两个线性致动器，用于驱动各燃料泵；第一油压泵，由所述线性致动器共用，向所述线性致动器供给油压，使得所述燃料从所述燃料泵排出；第二油压泵，由所述线性致动器共用，向所述线性致动器供给油压，使得所述燃料泵吸入所述燃料，且被构成为：在驱动所述第一油压泵的第一电动马达正向旋转和反向旋转时，彼此不同的所述燃料泵排出所述燃料，在驱动所述第二油压泵的第二电动马达正向旋转和反向旋转时，彼此不同的所述燃料泵吸入所述燃料。