本发明公开了一种适用于高频谐振变换器的多频滞环控制系统及其方法，A/D采样模块a对主功率电路的输入电压进行采样，并转换为数字反馈信号Vinf送入工作模式判断单元；A/D采样模块b对主功率电路的输出电压和负载电流进行采样，并转换为数字反馈信号Vof和Iof。其中，Vof输出给滞环状态判断单元并产生滞环状态信号VH。然后将Vinf，Iof和VH共同送入工作模式判断单元，产生工作模式信号Vm。驱动选择单元根据工作模式信号Vm选择最优的一组频率和占空比，由PWM产生单元产生所需开关频率和占空比，送入驱动单元控制主功率电路中开关管的通断。本发明实现方法简单，可根据电路工作状态自适应调整驱动信号，能够在全输入电压和全负载范围内提高变换器效率。