本发明提供一种仿生型水下机器人的操纵系统及区域控位控制方法，基于区域控位控制要求提出“双仿生鳍+艉部矢量主推进器”的操控系统配置方案，其特征在于仿生型水下机器人艉部配置矢量式主推进器，仿生型水下机器人平行中体前部两舷配置类似鲸类胸鳍结构的仿生鳍；主推进器由水平、垂直2个自由度的摆动机构组成，仿生鳍由3自由度摆动执行机构组成。仿生型水下机器人区域控位控制方法采用两步主从式控制规律，解决仿生胸鳍操纵装置复杂生力机理带来的非线性输入问题。