本发明公开了一种基于磁耦合传动的喷水推进操纵控制单元，包括：指令输入装置；档位装置，用于在指令输入装置的位移范围内标识出零舵角、零推力位置；磁耦合装置，包括主动磁环和从动磁环，通过主动磁环在外力驱动下的旋转，迫使从动磁环随动，从而将主动磁环的角位移信息转换为物理量位移信号；信号处理单元，用于将物理量位移信号处理为数字量位移信号，并通过总线将数字量位移信号传输至喷水推进主控制系统；限位装置，用于限制指令输入装置的位移范围。本发明将船舶操控指令输入信号转化为数字量信号输出，实现对船舶喷水推进装置的方向舵舵角、倒航斗位置及主机转速等量的控制。