一种船舶推进轴系用磁悬浮轴承综合控制装置，包括转轴，转轴的一端安装有推进器，转轴上套置有磁铁，位于磁铁的外部并与其间隔安装有磁悬浮径向支承轴承，位于磁悬浮径向支承轴承的外侧一旁安装有第一传感器；转轴的另一端还固定有推力盘，推力盘左右两侧分别间隔安装有磁悬浮轴向推力轴承，磁悬浮轴向推力轴承的内侧安装有第二传感器；还包括电控系统，电控系统分别通过线路与第一传感器、磁悬浮径向支承轴承、磁悬浮轴向推力轴承和第二传感器连接。通过在推进器的转轴上安装两组磁悬浮径向支承轴承和磁悬浮轴向推力轴承，采用间隔安装的形式，轴承与轴之间不直接接触，主动控制系统控制轴系对船体的横向激励和纵向激励。