本发明涉及一种富藻层藻水的收集系统，包括藻水容器、藻水入口调节装置、藻水传送装置和浓度监测装置，所述藻水容器的顶端设置有藻水入口，所述浓度监测装置设置于所述藻水入口处，所述藻水传送装置设置成从所述藻水容器内向外抽水，所述藻水入口调节装置与所述藻水容器连接，并调节所述藻水入口距水面的深度。浓度监测装置优选设置于所述藻水入口处，并处于藻水容器的外沿。通过使用该收集系统，使用者可根据浓度监测装置的结果来调节藻水入口距水面的深度，使藻水入口处于富藻层的底部，在保证藻水入口处尽量进入高浓度的藻水的前提下，使藻水入口的流量最大化。既提高了单位功耗的吸藻效率，又提高了单位时间的吸藻效率。