本实用新型公开了一种单旋翼涵道水下无人航行器的主控系统，所述主控系统包括：主控制器、电机控制器、舵机控制器和遥控接收机。本实用新型采用多舵机导流片控制方式可以产生多种控制力与控制力矩，使得水下无人航行器具有很高的机动性与极大的灵活性。另外，利用对第一X舵舵机和第二X舵舵机的控制实现了水下无人航行器回转半径为零、快速浮升的特点，可广泛应用于狭小水域和浅水域的探测作业，弥补了现有大型水下航行器机动性的不足的缺点。