一种适用于水面行驶的微生物菌投放装置，该微生物菌投放装置包括漂浮仓、投放组件和驱动组件，投放组件设置在漂浮仓内，驱动组件设置在漂浮仓的尾部，漂浮仓的底面平滑，漂浮仓为船型，漂浮仓的前端和尾端均包括椭圆部和锲形部，锲形部设置在椭圆部的下方，椭圆部和锲形部连接。本技术方案中的漂浮仓设置为船型，并且在首尾两端底部均设置有锲形部，用于在遇到漂浮水草等，可以将水草割断继续前行；在锲形部的上部设置椭圆部，椭圆部用于减少波浪对漂浮仓的作用；根据第一阀门打开的快慢程度和旋转的分料仓之间的配合，将微生物菌分配成等量的微生物菌进行投放，使得在整个行驶过程中的水域内都能撒上微生物菌，净化水质。