本发明公开了一种湖泊水藻清理装置，包括清理船，清理船包括打捞装置、粉碎装置和收集装置，打捞装置包括打捞罩、发动机和螺旋转轴，发动机通过联动杆连接传动杆，传动杆连接螺旋转轴，打捞罩设有打藻口和出藻口，出藻口连接粉碎装置，粉碎装置包括粉碎机和烘干机，粉碎机设有进料口和出料口，烘干机连接烘干管，烘干管一端连接出藻口，一端连接进料口，收集装置包括打块机、收集箱，出料口连接打块机，打块机出口连接收集箱，本发明工作效率高，节省了人力物力，同时打碎后的水藻收集成块，不需要再次清理。