本实用新型公开了一种嵌入式飞行控制器，包括了核心控制板、模式配置板和内部总线；所述的核心控制板进行数据处理和控制，设置有处理器、数据存储器、遥控信号接收单元、控制输出驱动单元和内部总线接口；所述的模式配置板用于连接功能模块，并将功能模块与核心控制板相连接，设置有通信单元、控制输出接口、系统供电单元和内部总线接口；所述的内部总线用于连接核心控制板和模式配置板。本实用新型能够方便的实现不同构型(含新构型/变构型)飞行器的自动飞行控制，控制器具有功能丰富、扩展性强、结构简洁、成本节约、控制方便等优点。