本发明涉及一种可应用于复杂海域的连续机动式水文剖面探测采样器，包括水下自治机器人，所述水下自治机器人外壳的上下端各搭载一个探测采样的拖体，所述水下自治机器人上安装有绞车，所述绞车上安装拖缆，所述拖体通过拖缆与水下自治机器人连接，通过拖缆内置的电线实现与水下自治机器人的供电和通信。提高了作业海况和作业海域适应范围，通过水下自治机器人在水下航行可避免恶劣海况影响，也可到达表面水流比较恶劣、暗礁等较多的海域进行航行。